siTOOLs社のraPOOLの紹介ページです。

ヒトゲノムの98%以上がノンコーディング領域であることが発見されて以降、ノンコーディングRNA(ncRNA)の機能に対する関心が増大しています。ncRNAのうち200nt以上であることによって定義されるロングノンコーディングRNA(lncRNA)が種々の生理学的事象や疾病の発症に関与していることが示されてきています。lncRNAはタンパク質やDNAおよびRNAと相互作用して機能を発現するため、結合パートナーを明らかにするための実験はlncRNAの未知の機能解析に大きな役割を果たします。
RNAアンチセンスのプール(raPOOL™)は30種類の最適化された配列を持つ3’末端ビオチン化されたDNAプローブで構成されており、DNA/RNAやタンパク質と複合体を形成しているlncRNAやmRNAの特異的かつ効率的な単離を可能にします。ストレプトアビジンでコートされた磁気ビーズを用いることにより、raPOOL™を使用した高効率(~100倍)でのRNAの濃縮が可能であり、既知および未知のlcnRNAと相互作用するタンパク質の単離が報告されています(Notzold et al. 2017)。

構成

・30種類のビオチン化されたターゲットRNAとハイブリダイゼーションする単鎖DNAプローブで構成
・2、5および10 nmol(それぞれ20、50および100試験用)スケールで提供
・陽性コントロール(MALAT-1)および陰性コントロール(LacZ)用raPOOL™を提供

raPOOL™の用途

・ターゲットRNAと相互作用するタンパク質や核酸の同定と確認
・RNAおよびこれと相互作用するタンパク質や核酸の単離

特徴

・高い効率性と具体性
ターゲットRNAの100倍程度の濃縮が可能
・様々な生物に対応
任意の種の遺伝子から転写産物を作成できる
・金銭的価値
30種類のビオチン化されたプルダウン用プローブを安価に提供
・時間節約、詳細設計
raPOOLは標的RNAに特異的かつ最適な熱力学で結合するように設計されているため、プローブをデザインする時間やリソースが削減可能

用途

・ターゲットRNAと相互作用するタンパク質や核酸の同定と確認
・RNAおよびこれと相互作用するタンパク質や核酸の単離

raPOOLの利点

仕組み

raPOOLによるRNAアフィニティー精製


核酸およびタンパク質の相互作用は、架橋試薬で保存され、続いて、溶解および超音波処理を行って、核酸をプルダウンしやすいサイズに剪断します。raPOOL™を溶解物に添加し、目的のRNAとハイブリダイズさせます。その後、ストレプトアビジンでコーティングした磁性ビーズを添加することにより、高親和性ビオチン-ストレプトアビジン相互作用を介してraPOOL™結合複合体を単離することができます。次いで、複合体を破壊し、種々の方法によって個々の成分を分析します。
ウェスタンブロッティング/質量分析(タンパク質)、シークエンシング/ノーザンブロット/PCR検出(核酸)

サポートデータ

aPOOLによる標的RNAの単離性能


HeLa細胞由来の溶解物を、ヒトMALAT1、ヒトXISTまたは大腸菌LacZ(ネガティブコントロール)に対する二つの異なるraPOOL™と37°Cで4時間インキュベートし、RNA単離およびcDNA合成後、シクロフィリンA(PPIA)、GAPDHまたは標的lncRNA、MALAT1のレベルを、リアルタイム定量PCRによって測定した。標的(MALAT1color)の約100倍のRNA濃縮が両方のraPOOL™で検出されました。濃縮は標的RNAに特異的でした。

raPOOL™製品リスト

カタログ番号 製品名 製品詳細 容量 価格と納期
raG02001 raPOOL 2 nmol カタログ/カスタム*raPOOL 2 nmol お問い合わせください
raG05001 raPOOL 5 nmol カタログ/カスタム*raPOOL 5 nmol お問い合わせください
raG10001 raPOOL 10 nmol カタログ/カスタム*raPOOL 10 nmol お問い合わせください
raC02001 raPOOLコントロール 2 nmol 陽性対照(MALAT1 (378938))、陰性対照(LacZ) 2 nmol お問い合わせください
raC05001 raPOOLコントロール 5 nmol 陽性対照(MALAT1 (378938))、陰性対照(LacZ) 5 nmol お問い合わせください
raC10001 raPOOLコントロール 10 nmol 陽性対照(MALAT1 (378938))、陰性対照(LacZ) 10 nmol お問い合わせください

*カスタムraPOOL作成費用が初回のみ本体価格に加算されます